W okresie objętym kontrolą NIK Ministerstwo Spraw Wewnętrznych przeznaczyło na przejścia graniczne na lotniskach od 92 milionów złotych w 2008 roku do prawie 107 milionów w roku 2012. Zdaniem Izby to zdecydowanie za mało w stosunku do potrzeb. W roku 2008 brakowało bowiem 25 procent potrzebnej sumy, a w 2011 prawie 20 procent.
MSW nie prowadzi też analizy, dotyczącej potrzeb poszczególnych lotniczych przejść granicznych. Zamiast tego przyznaje pieniądze automatycznie, na podstawie danych z poprzednich lat, nie uwzględniając ani specyfiki poszczególnych przejść, ani kalkulacji wydatków.
Kontrola wykazała też bałagan w kwestii rozliczania się organów państwa - reprezentowanych przez wojewodów - z zarządcami portów lotniczych. Brak jednolitych przepisów pozwala na stosowanie dowolnych stawek i zasad wynajmu powierzchni i sprzętu używanego do kontroli granicznej.
Zdaniem NIK, to służby kontroli granicznej, a nie wojewodowie powinny zawierać umowy z zarządcami lotnisk. Izba uznała za konieczne szybkie wprowadzenie kompleksowych zmian w prawie, które wyeliminują problemy z rozliczeniami między organami państwa a zarządcami portów lotniczych.
