Ekspozycja zajmuje niemal pięć tysięcy metrów kwadratowych, co – jak informuje muzeum - sprawia, że jest ono największą historyczną placówką muzealną w Polsce.
Wystawa główna znajduje się 14 metrów poniżej poziomu gruntu. Tworzą ja trzy bloki narracyjne: „Droga do wojny", „Groza wojny" oraz „Długi cień wojny". Na wystawie znalazło się około 2,5 tysiąca eksponatów oraz około 240 stanowisk multimedialnych, dzięki którym można m.in. przeglądać archiwalne fotografie i filmy, obejrzeć relacje świadków wydarzeń, zapoznać się z interaktywnymi mapami prezentującymi militarne potyczki czy zmiany granic państw w czasie II wojny światowej.
- Liczymy na to, że wystawa stanie się przedmiotem ogólnonarodowej debaty, a dla cudzoziemców wielką lekcją polskiej historii. Muzeum II Wojny Światowej wpisuje nasze doświadczenie w kontekst europejski i światowy, dzięki temu lepiej można zrozumieć jego cechy szczególne, ale także wspólne z innymi narodami – wyjaśnia cytowany w materiałach promocyjnych muzeum dyrektor placówki prof. Paweł Machcewicz.
Ze względu na drastyczność tematyki prezentowanej na wystawie głównej gospodarze muzeum zalecają zwiedzanie jej raczej osobom powyżej 12. roku życia: ostateczną decyzję w tej sprawie pozostawiają jednak rodzicom. Specjalnie z myślą o dzieciach przygotowano jednak w placówce ekspozycję pt. "Podróż w czasie". Składają się na nią trzy pomieszczenia, w których zrekonstruowano wnętrze mieszkania warszawskiej rodziny w trzech różnych okresach wojny: w momencie jej wybuchu, w trakcie i w chwili zakończenia.
Muzeum II Wojny Światowej mieści się w historycznym centrum Gdańska, przy pl. Władysława Bartoszewskiego 1, w bardzo bliskim sąsiedztwie gdańskiego Muzeum Poczty Polskiej działającego w budynku, który 1 września 1939 r. był miejscem jednego z pierwszych starć zbrojnych II wojny światowej.
