Jak informuje PIT, problem obowiązku szacowania marży od zaliczek powstał w styczniu 2014 po zmianie ustawy o VAT. Usunięcie zapisu o szczególnym momencie powstania obowiązku podatkowego utrudniło życie biurom podróży. Organy podatkowe zaczęły wymagać od przedsiębiorców, by naliczali VAT za sprzedaną usługę już w momencie pobierania zaliczki od klienta,zanim wykonały usługę. Biura podróży musiały szacować, jaką marżę uzyskają i obliczać wysokość podatku na podstawie prognozy. Było to czasem wręcz niewykonalne.
Niekorzystną interpretację przepisów, stosowaną przez organy podatkowe PIT, i kilka innych podmiotów z branży, zaskarżył do WSA. W wyrokach sąd kilkakrotnie potwierdził stanowisko, zgodnie z którym w momencie pobierania zaliczki nie powstaje obowiązek podatkowy. Dziś stanowisko to potwierdził również Naczelny Sąd Administracyjny, oddalając skargę kasacyjną Ministerstwa Finansów, dotyczącą jednego z wyroków wydanych przez WSA na korzyść branży turystycznej. Wyrok ten podważył zasadność naliczania VAT od zaliczek w przypadku stosowania procedury VAT-marża.
"Obecnie oczekujemy na publikację orzeczenia, które po analizie będzie podstawą do zaproponowania przez PIT rozwiązań skierowanych do Ministerstwa Finansów, które przywróciłyby normalne funkcjonowanie przedsiębiorców w branży turystycznej" - czytamy w komunikacie PIT.
