Meczet został wybudowany w Atenach z rozkazu Mehmeda II Zdobywcy – sułtana Imperium Osmańskiego. Po odzyskaniu przez Grecję niepodległości, budynek był używany jako szkoła, obiekt wojskowy, więzienie, a od lat 60 XX wieku – magazyn dzieł archeologicznych.
Służby odpowiedzialne za zabytki podkreślają, że w meczecie nie będą odbywać się modlitwy. W Grecji nie brakuje jednak głosów twierdzących, że to najlepszy prezent, jaki rząd mógł sprawić prezydentowi Turcji Recepowi Erdoganowi, który przez lata nalegał na odrestaurowanie tej szczególnej świątyni muzułmańskiej.
Niektórzy dziennikarze zwracają uwagę na położenie świątyni – obok Akropolu, symbolu hellenizmu i kolebki zachodniej cywilizacji, i przypominają, że meczet został wybudowany w podziękowaniu za zdobycie przez Turków Konstantynopola, dzisiejszego Stambułu.
