Jak podaje Muzeum, w 2016 r. jego siedzibę odwiedziło 610 tysięcy ludzi. Ich częścią było ponad 5,1 tysiąca grup zorganizowanych, z czego 600 grup obcojęzycznych. Najwięcej z nich posługiwało się językiem angielskim – ponad 400 grup. Licznie odwiedzały Muzeum także osoby francuskojęzyczne – ponad 60 grup, jak również mówiące językami hiszpańskim – ponad 30 grup, niemieckim – 55 grup, rosyjskim – ponad 20 grup i włoskim – 15 grup.
Do muzealnego kina 3D wyświetlającego film "Miasto ruin" przybyło ponad 400 tysięcy osób. Z udostępnianych w 26 językach audioprzewodników skorzystało ponad 30 tys. zwiedzających, około 60 procent z nich stanowili obcokrajowcy.
W mijającym roku placówka zorganizowała m.in. 70 warsztatów, 61 wykładów, 32 koncerty, 17 promocji książek, trzy gry miejskie i konferencję naukową. Otwarty został także "Pokój na lato". Łącznie w Muzeum odbyło się ponad 180 spotkań, przy których placówkę wspierało blisko 300 wolontariuszy.
Muzeum otrzymało ponad 1,6 tys. eksponatów od 235 osób. Znalazła się wśród nich przedwojenna legitymacja BGK przebita pociskiem karabinowym, maszyna do pisania "Erika" z futerałem oraz tablica z nazwą ulicy zmienionej przez Niemców na Invalidenstrasse, w czasie okupacji znajdująca się na domu przy ul. Mickiewicza 20 (obecnie róg Mickiewicza i pl. Inwalidów).
Wśród znanych gości, którzy odwiedzili placówkę w 2016 r. byli m.in. gen. Janusz Brochwicz-Lewiński "Gryf", ambasador Kanady Stephen de Boer z pisarką Alexandrą Richie, premier Czech Bohuslav Sobotka, amerykańscy kongresmeni, twórca komiksu "Hugo" Bernard Dumont oraz praprawnuk twórcy Wodociągów Warszawskich Francis William Lindley.
