Przebudowa i rozbudowa terminalu rozpoczęła się w kwietniu 2013 roku od przekazania terenu generalnemu wykonawcy - Astaldi SpA. Konieczna była też rozbiórka obiektów, które znajdowały się na terenie nowej części terminalu. Były to m.in. pomieszczenia socjalne, magazyny, garaże i warsztaty.
Pierwszy etap budowy obejmował przede wszystkim prace ziemne, które trwały do jesieni 2013 roku. W dalszej kolejności wykonano konstrukcje żelbetowe. Jesienią 2014 roku terminal już stał. Kolejne kilka miesięcy – do wiosny 2015 roku - zajęły prace związane z wykonaniem fasady budynku. W połowie września zeszłego roku przeprowadzono odbiory i testy nowo wybudowanej części terminalu. Znalazły się w niej: sala odbioru bagażu rejestrowanego z trzema karuzelami, strefa ogólnodostępna, gdzie można oczekiwać na przylatujących, Visitor's Centre - wspólny punkt informacji lotniskowej oraz informacji miejskiej InfoKraków. Uruchomiono też scentralizowaną strefę kontroli bezpieczeństwa, 11 poczekalni odlotowych, dwie wieże przy rękawach, strefę komercyjną i saloniki biznesowe.