Przebudowa i rozbudowa terminalu rozpoczęła się w kwietniu 2013 roku od przekazania terenu generalnemu wykonawcy - Astaldi SpA. Konieczna była też rozbiórka obiektów, które znajdowały się na terenie nowej części terminalu. Były to m.in. pomieszczenia socjalne, magazyny, garaże i warsztaty.
Pierwszy etap budowy obejmował przede wszystkim prace ziemne, które trwały do jesieni 2013 roku. W dalszej kolejności wykonano konstrukcje żelbetowe. Jesienią 2014 roku terminal już stał. Kolejne kilka miesięcy – do wiosny 2015 roku - zajęły prace związane z wykonaniem fasady budynku. W połowie września zeszłego roku przeprowadzono odbiory i testy nowo wybudowanej części terminalu. Znalazły się w niej: sala odbioru bagażu rejestrowanego z trzema karuzelami, strefa ogólnodostępna, gdzie można oczekiwać na przylatujących, Visitor's Centre - wspólny punkt informacji lotniskowej oraz informacji miejskiej InfoKraków. Uruchomiono też scentralizowaną strefę kontroli bezpieczeństwa, 11 poczekalni odlotowych, dwie wieże przy rękawach, strefę komercyjną i saloniki biznesowe.
Rok później, w lipcu 2016 roku – tuż przed Światowymi Dniami Młodzieży – oddano drugi etap inwestycji, który obejmował wybudowanie fragmentu budynku łączącego stary i nowy obiekt oraz przebudowę dawnej hali odbioru bagażu. Powstały tam nowe stanowiska odprawy biletowo-bagażowej, zlokalizowane bliżej punktów kontroli bezpieczeństwa. Oddany wówczas fragment terminalu to także dodatkowy punkt kontroli bezpieczeństwa, trzy dodatkowe poczekalnie odlotowe i kolejna karuzela w hali odbioru bagażu. Poszerzono również ofertę lotniska o kolejne sklepy, punkty gastronomiczne i usługowe, w tym restaurację i salonik biznesowy z widokiem na płytę. Prace prowadzone były również na zewnątrz obiektu. Przebudowany został m.in. wewnętrzny układ komunikacyjny.
Trzeci i ostatni etap inwestycji obejmował modernizację hali odpraw w starym budynku terminalu. Powstały tu kolejne stanowiska odprawy biletowo-bagażowej (18 stanowisk), pięć poczekalni odlotowych oraz terminal dla VIP-ów. Powiększyła się też strefa handlowa lotniska – powstały nowe punkty komercyjne i usługowe.
– Przed lotniskiem kolejna ważna inwestycja, budowa nowej drogi startowej, bez której dalsze funkcjonowanie lotniska nie będzie możliwe. – podkreślił Radosław Włoszek, prezes Kraków Airport, cytowany w komunikacie prasowym. Inwestycje prowadzone przez ostatnie trzy lata wymagały od naszych kontrahentów, pasażerów i pracowników wszystkich firm, zaangażowanych w obsługę pasażerów dużo wyrozumiałości. Bywało zimno lub gorąco, głośno i ciasno. Mimo tych wielu niedogodności w trakcie realizacji inwestycji sukcesywnie rozbudowywaliśmy siatkę połączeń i liczbę obsługiwanych pasażerów. Dziękujemy za wyrozumiałość, cierpliwość i mamy nadzieję, że warto było czekać na zakończenie tej inwestycji – powiedział Paweł Galiak, dyrektor pionu handlowego Kraków Airport, cytowany w komunikacie prasowym.